Özv. gr. Zichy Miklósné már 1765-ös kiváltságlevelében engedélyezte a zsinagóga újraépítését és kibővítését. Az 1766 elejétől következő új birtokos, a kamara 1766 márciusában kibocsátott kiváltságlevelében megerősítette a hozzájárulást a közösségi- és imahely megújításához. Minthogy a zsidó lakosság a mai Fő tér környezetében és a Lajos utcában élt, itt fogtak hozzá az erősen düledező első templom helyetti második zsinagóga felépítéséhez is. Az elöljáróság a széles körben elismert építészt, Matheus (Máté) Neupauert bízta meg az új zsinagóga megtervezésével. A korábbi, szedett-vedett üléseket egységes székekre cserélték, a zsinagóga közvetlen környezetében 14 kandelábert állítottak fel. Az elkészült épületet 1769-ben avatták fel. 1786-ban iktatták be új rabbijukat, Jichák Kicsét (Kittsee), akit 1789-től a már a hivatalba lépésekor is nagy tekintélynek örvendő Mose Münz (Minz) követett. A közösséget felvirágoztató, 1794-ben megyei rabbinak is megválasztott, a pesti hívek összességét is koordináló Münz rabbi egészen az 1831-ben bekövetkezett haláláig viselte a hivatalát.

A kereskedelemmel és ipari tevékenységgel foglalkozó zsidók a 18. század utolsó harmadától kezdve egyre több energiát és forrást fordíthattak a közösség fejlesztésére. Ennek eredményeként 1770-ben alapították meg a Hevra Kadisát, a temetkezéssel és jótékonysággal foglalkozó Szentegyletet, majd tíz évvel ezt követően a zsidókórházat. Az ország első világi zsidó iskolájának az életre hívása is erre az időszakra tehető: a nyilvános népiskola 1784-ben nyitotta meg kapuit a mai Zichy utcában. Ekkorra a közösség létszáma is jelentősen gyarapodott. A századforduló után három évvel már 527 zsidó család lakta Óbudát. Ekkor rakta le Goldberg Ferenc a későbbi Goldberger dinasztia alapjait. Ebben az időben sorra alakultak azok a céhek és manufaktúrák, amelyek közül jó néhány jelentős vállalattá nőtt a következő évtizedek során.

A második óbudai zsinagóga a Kelet-Közép-Európában jellemző, még a barokk korban kialakult zsinagógatípus formai jegyeit viselte magán. A minőségi kidolgozásra azonban a kelleténél jóval kevesebb figyelmet fordítottak: a centrális elrendezésű, négy pilléren nyugvó, kilenc boltszakaszos épület a nem megfelelő talajviszonyok következtében nem egészen fél évszázad alatt tönkrement, és veszélyessé vált a további használata. A Budai Építészeti Bizottmány 1817-es vizsgálata a rosszul alapozott épület részleges bontását indítványozta elő.