A vészkorszak Óbuda zsidóságát is súlyosan érintette. Az embertelen terror 3000 áldozatot követelt a városrésztől. Az épület a világháború poklában maga is jelentős károkat szenvedett. A megrongálódott imahelyet a Joint és a helyi önkormányzat anyagi támogatásával 1946-47-ben helyreállították, a károkat kijavították, a tetőt cseréppel fedték be. Az alig néhány száz túlélő által újjáalakított közösség élére ismét Neumann József került. Újjáindították az iskolát, majd 1947-ben a cionista ifjúsági szövetség is újrakezdhette a működését, igaz, hamarosan

osztoznia kellett a többi magyarországi cionista szervezet sorsában, és feloszlatták. Ugyanígy kényszerült befejezni az ekkor már 160 éves múltra visszatekintő működését a zsidó iskola is, amikor a többi magánkézben levő oktatási intézményhez hasonlóan 1948-ban államosították. Egy évvel később a közösség beleolvadt a nagy-budapesti hitközségbe.

A jelentősen megfogyatkozott gyülekezetet 1956-ig dr. Neumann József rabbi vezette. A forradalom nyomán elindult kivándorlási hullám eredményeként a hívők közössége tovább fogyatkozott. A közösség élére rövid időre dr. Rácz Zoltán került. 1958 után a maroknyi hívő már a földszínt egyik kisebb helyiségében tartotta az istentiszteleteket, az egyre jobban elhanyagolt zsinagóga romlásnak indult. Az épület környezetében levő hitközségi épületeket lebontották. 1960 után a zsinagóga rabbija dr. Geyer Artúr budai főrabbi lett, aki mindössze havonta egy alkalommal látogatta meg a hívőket. A 60-as évek derekán a Magyar Izraeliták Országos Képviselete (MIOK) a maroknyi közösség megkérdezése nélkül eladta az épületet az államnak. Ezzel a nagy múltra visszatekintő zsinagóga a fennállása leginkább méltatlan helyzetébe került: a Tóra-tekercseket ismeretlen helyre szállították, az épület eredeti berendezését 1978-ban lerombolták.

A lepusztult épületbe először Textilmúzeumot terveztek, majd, miután kiderült, hogy az épület alkalmatlan erre a funkcióra, 1978-ban a Magyar Televízió tulajdonába került, amely előbb díszlet- és kellékraktárt, majd stúdiót, végül 2000 után ismét díszletraktárat rendezett be a teljesen átalakított épületben.

Az újjáéledő közösség

2010-ben ismét élet költözött a zsinagóga falai közé. Az Egységes Magyarországi Izraelita Hitközség, és a Chábád Lubavics Mozgalom, miután felújította a rendkívül rossz állapotban lévő épületet, 2010. szeptember 5-én újra felavatta a templomot és átadta a közösségnek. A Tóraszekrénybe adományként új tóratekercs került, majd szeptember 8-án, az 5771. zsidó év kezdete alkalmával újra megnyitották a zsinagóga kapuit.

A közösség a zsinagógát saját erőből, kizárólag adományokból újítja fel és tartja fenn. A nagyobb beruházásokhoz a hívek már állami, illetve EU-s forrásokat is igénybe vesznek. Péntek esténként nemritkán 150 ember is részt vesz a szombatfogadáson, de a zsinagóga megtelik élettel a szombat reggeli imák során is. Ma már minden nap van reggeli ima, hetente női és férfi tanulás, vasárnap gyerekprogram. Az óbudai imaház rendszeresen otthont ad körülmetéléseknek, esküvőknek, bát/bár micváknak.

A zsinagóga fél évszázad elteltével visszatért a gyarapodás útjára.